跳至主要内容

Cellular Respiration

Cellular respiration 是指細胞如何將大的分子分解成一小份一小份,以及最後將分解出來的 energy 儲存為 ATP 的過程。細胞分解 glucose 的過程中,必須會進行 catabolic reactions,並且從高能量的環境轉變成低能量的環境,最後將 energy 釋放出來,其中一部分製造出 ATP 以及另一部分則消散為 heat。在整個過程中,electron carriers 就負責將 electrons 從一個物質轉移到另一個物質,帶動整個細胞呼吸的過程。

Introduction to cellular respiration

在 Energy and Enzymes 篇章裡有提到 ATP

  • 細胞如何將甜美的 glucose 轉換成方便儲存使用的 ATP
    • 必須要進行 catabolic reactions
    • 意思是要將大的分子分解成一小份一小份
    • 例如以下公式代表 glucose 在 oxygen 中被分解成 6 個 carbon dioxide 和 6 個 water molecules
C6H126O26CO2+6H2OΔG=686 kcal/mol\begin{aligned} &\text{C}_6\text{H}_{12}6\text{O}_2 \rightarrow 6\text{CO}_2+6\text{H}_2\text{O} && \Delta G = -686\text{ kcal}/\text{mol} \end{aligned}
  • Glucose bond 中的 energy 將透過分解被釋放

    • 有的儲存為 adenosine triphosphate (ATP) 格式
    • 有的消散為 heat
  • 其中 ATP 可以"直接"透過 substrate-level phosphorylation 產生

    • 由 phosphate group 找到 ADP 一起合成出來的
  • ATP 也可以"間接"產生

    • 一些 glucose 的 electrons 運送到 electron carriers (small molecules)
    • Carriers 帶著 electrons 來到細胞內的 mitochondrion
    • 找到了 electron transport chain (protein)
    • Electrons 就在 ETC 上面從 high energy 變成 low energy
      • ultimately passed to oxygen (forming water)

詳細的說,ETC 上的 electrons 釋放的 energy 會用來 pump protons (H+\text{H}^+)

  • Pump 產生 electrochemical gradient
    • 往 mitochondrion 內流的 H+ 會經過 ATP synthase (enzyme)
      • 幫助合成 ATP
      • 這個作用稱為 oxidative phosphorylation

下圖展示了 substrate-level 和 oxidative phosphorylation

Substrate-level and oxidative phosphorylation
Substrate-level and oxidative phosphorylation

Glucose 等燃料透過上圖 electron transport chain 分解的過程,稱作 cellular respiration !

Electron carriers

負責載運 electrons 的 electron carriers 有兩種類型

  • NAD+\text{NAD}^+
    • nicotinamide adenine dinucleotide
  • FAD\text{FAD}
    • flavin adenine dinucleotide

當他們得到 electrons 時,順便會收下 hydrogen atoms 形成稍微不同的型式

NAD++2e+2H+NADH+H+FAD+2e+2H+FADH2\begin{aligned} &\text{NAD}^+ + 2\text{e}^- + 2\text{H}^+ \rightarrow \text{NADH} + \text{H}^+ \\ &\text{FAD} + 2\text{e}^- + 2\text{H}^+ \rightarrow \text{FADH}_2 \end{aligned}

丟掉 electrons 就會恢復原狀

NADHNAD++2e+H+FADH2FAD+2e+2H+\begin{aligned} &\text{NADH} \rightarrow \text{NAD}^+ + 2\text{e}^- + \text{H}^+ \\ &\text{FADH}_2 \rightarrow \text{FAD} + 2\text{e}^- + 2\text{H}^+ \end{aligned}

這樣 gain/lost electrons 的反應又可以統稱為 redox reactions

Redox reactions

Cellular respiration 有非常多 electrons 互相 pass 的情況

  • 所有包括 electron transfers 的統稱為 oxidation-reduction reactions (redox reactions)
    • 失去或是無法繼續 hog electrons 的 molecules 就是被 oxidized
    • 從被 oxidized molecules 獲得或 hog electrons 的 molecules 就是被 reduced

為何要區分「失去」跟「Hog」 electrons 呢,我們舉兩個例子 :

Magnesium chloride

我們用合成 magnesium chloride 來作為失去 electron 的例子

Mg+Cl2Mg2++2Cl\text{Mg} +\text{Cl}_2 \rightarrow \text{Mg}^{2+} + 2\text{Cl}^-
  • 上面的 reaction 告訴我們
    • magnesium atom 完全失去了 2 個 electrons
      • 所以是 oxidized
    • chlorine atoms 則完全接收了這 2 個 electrons
      • 所以是 reduced

Water

我們另外用合成 water 來作為 hog electron 的例子

2H2+O22H2O+heat2\text{H}_2 + \text{O}_2 \rightarrow 2\text{H}_2\text{O} +\text{heat}
  • 在外觀看起來沒有任何電子的轉移
    • H atoms 原本就能很好的共享 electrons
    • O atoms 也能很好的共用彼此 electrons
  • 但因為成為 product 後跟原本 reactant 的 electron density 改變了 !
    • 因為 oxygen 有更強的 electronegative
    • 所以變成 H2O\text{H}_2\text{O} 之後,變成 oxygen hog 2 個 electrons

所以儘管沒有 electron 的 gain/lost,我們還是能總結在反應過後

  • O 有更多的 electron density,所以是 reduced
  • H 降低了 electron density,所以是 oxidized

Biological Redox reactions (trick)

在 biology 中,有一個 trick 用來取代 electrons 來判斷 redox reactions

  • 當含有 carbon 的 molecules 在 reaction 期間

    • 獲得 H atoms 或失去 O atoms
    • 那他就是 reduced (gain electrons or electron density)
  • 當含有 carbon 的 molecules 在 reaction 期間

    • 失去 H atoms 或獲得 O atoms
    • 那他就是 oxidized (lost electrons or electron density)

用 glucose breakdown 舉例

C6H12O6+6O26CO2+6H2O\text{C}_6\text{H}_{12}\text{O}_6 + 6\text{O}_2 \rightarrow 6\text{CO}_2 + 6\text{H}_2\text{O}
  • 在 glucose 時的 carbon 是有跟 H atoms 來往的
    • 但變成 carbon dioxide 之後就沒有跟 H atoms 來往了
    • 所以 glucose 應該是被 oxidized
  • 在 glucose 時的 oxygen 沒有跟 H atoms 有來往
    • 但變成 water 之後就有跟 H atoms 來往了
    • 所以 oxygen 應該是被 reduced

為什麼在 biology 可以這麼草率判斷 oxidation/reduction ?

  1. 因為 H 通常會與 organic molecules 結合
  • 例如 C, O, N, P
  • 這些 atom 都比 H 擁有更大的 electronegative
  • 所以當含有這些 atom 的 molecules 與 H 結合,自然多為 reduced
  1. 因為 O 原本其他主要 biological molecules 的 atoms 還要更加 electronegative
    • 所以跟 O 結合的 molecules 的 electron 通常會被 O 給 hog 走
    • 這些 molecules 就多為 oxidized

Why redox

Redox 的目的就是要從反應中獲得 energy 呀 !

  • Electrons 在 less electronegative atoms 的時候會有 higher energy
    • 例如在 C 或 H 身邊時
  • Electrons 在 more electronegative atoms 的時候會有 lower energy
    • 例如在 O 身邊時

所以從 glucose 到 oxygen 的過程,就是從 higher energy 轉換到 lower energy

  • Energy 就會在轉換過程中一步一步的釋放出 energy
    • Energy 就會被抓來作功或儲存
  • Cellular respiration 的最終目標
    • 就是將每個階段產生的 energy 轉換成 ATP 形式
Glucose redox breakdown
Glucose redox breakdown

Steps of cellular respiration

Cellular respiration 有四大步驟,是地球中一種很美的 metabolic pathway (代謝途徑)

Cellular respiration steps
Cellular respiration steps

Cellular respiration 主要目標是將養分 (e.g., glucose) 轉化成能量 (e.g., ATP)

  • 在 glucose 分解過程,會被拆解成 carbon dioxide, water 然後經過一些方法產出 ATP
    • 有的 ATP 是直接被生產
    • 有的 ATP 需透過 oxidative phosphorylation 來生產
      • electrons 在 electron transport chain 移動產生的能量
        • ETC 是 mitochondrion inner membrane 中一系列的 proteins
      • electrons 來自 glucose,並由 electron carriers (NAD+, FAD) 運送到 ETC
        • 所以會變成 NADH 跟 FADH2

現在來將四個步驟各別進行簡單的解釋

  1. Glycolysis

    • 將 glucose (6 carbon sugar) 進行一連串 chemical transformations
    • 轉換成 2 個 molecules 叫做 pyruvate (3 carbon organic molecule)
    • 並且直接產生出 ATP
    • 而 NAD+ 獲得 electrons 變成 NADH
  2. Pyruvate oxidation (Oxygen needed)

    • 2 個 pyruvate 進入 mitochondrial matrix
    • 結合 coenzyme A 形成 acetyl CoA (2 carbon molecule)
    • 釋放出 carbon dioxide
    • 而 NAD+ 一樣獲得 electrons 變成 NADH
  3. Citric acid cycle (Oxygen needed)

    • Acetyl CoA 結合一個 4 carbon molecule 進行一個 cycle 的 reactions
    • 最終又產出一個 4 carbon molecule
    • 直接產生 ATP
    • 結合 electron 產生出 NADH, FADH2
    • 釋放出 carbon dioxide
  4. Oxidative phosphorylation (Oxygen needed, directly used)

    • NADH 和 FADH2 來到 ETC 釋放出 electrons,變回 NAD+ 跟 FAD
    • Electrons 移動釋放能量來 pump protons 形成 gradient
    • 回到 matrix 的 protons 通過 ATP synthase (enzyme) 產生 ATP
    • Oxygen 最終會和 electrons 形成水

因為後三個工程都需要用到 oxygen,所以在第一步 glycolysis 沒有使用 oxygen 的話,會變成 fermentation !

接下來我們將詳細認識這四個大工程

Glycolysis

人類、生物跟某些細菌一樣,在處理 glucose 代謝前的第一步一定是 glycolysis

  • Glycolysis 將把 glucose (6 carbon) 拆成 2 個 pyruvate (3 carbon) molecules
    • Glycolysis 在過程中會從 glucose 萃取 energy
    • Glycolysis 不需要 oxygen 的參與就可進行

Glycolysis 總共有 10 個步驟,想要更詳細的知道其中的化學原理,可以參考 Steps of glycolysis, 但這邊我只想要了解簡單版本

  • Glycolysis 在 cytosol 中進行,主要有兩階段
    • Energy-requiring phase (下圖虛線上方)
    • Energy-releasing phase (下圖虛線下方)
Glycolysis overview
Glycolysis overview

Energy-requiring phase

  • Glucose 被重新排列,和 2 個 phosphate groups 結合
    • 產生了新的 sugar 叫做 fructose-1,6-bisphosphate (unstable)
    • 2 個 P 是從 ATP 變成 ADP 而來,所以 glycolysis 需要 2 個 ATP
  • 因為不穩定,所以可以被拆成 2 個擁有 3 個 carbon 的 sugars
    • 一個叫 glyceraldehyde-3-phosphate 可以接下去工作
    • 一個叫 DHAP 不能工作下去,但他可以輕鬆轉換成 glyceraldehyde-3-phosphate
    • 所以最後會有 2 個 glyceraldehyde-3-phosphate

Energy-releasing phase

  • 在這個階段,每個 glyceraldehyde-3-phosphate 要變成 pyruvate 會經過一些反應
    • 反應中將產生 2 個 ATP 和 1 個 NADH
    • 所以共會產生 4 個 ATP 和 2 個 NADH
      • 因為有 2 個 glyceraldehyde-3-phosphate

Glycolysis 的所有反應都有獨自的 enzyme 來幫助催化

  • 例如 phosphofructokinase 幫助 fructose-1,6-bisphosphate 進行催化
    • 能根據細胞所需能量,調節 glycolysis 的速度

總結一下,在 Glycolysis 將 1 個 glucose:

  • 轉成 2 個 pyruvates (3 carbon molecule)
  • 花費 2 個 ATP 得到 4 個 ATP (淨生產是 2 個 ATP)
  • 得到 2 個 NADH molecules

Pyruvate oxidation

Glycolysis 產生的 2 個 pyruvates 還可以透過 oxidation 被萃取出 energy

  • Pyruvate oxidation 會在 mitochondria 最內部的 matrix 進行 (eukaryotes)
    • 若是 prokaryotes 會在 cytoplasm 進行
  • Oxidation 中,Pyruvate 會變成 Acetyl CoA
    • Pyruvate 去除一個 carbon 並與 Coenzyme A 組合而成
    • 產生 NADH
    • 釋放 carbon dioxide

Acetyl CoA 將成為下一個工程 citric acid cycle 的燃料 !

Pyruvate oxidation process
Pyruvate oxidation process
  1. 首先 carboxyl group (藍色) 將會從 pyruvate 提取出來

    • carboxyl 會被作為 carbon dioxide 釋放
    • 留下剩下的 2 個 carbon 部分
  2. 剩下的 2 個 carbon 部分會被 oxidized

    • 失去的 electron 會和 NAD+ 形成 NADH
  3. Oxidized 後的東西叫做 acetyl group (綠色)

    • Acetyl group 和 Coenzyme A (CoA) 組合形成 acetyl CoA
    • Acetyl CoA 其實是一個 carrier
      • 運送 acetyl group 去 citric acid cycle

整個過程有一個大的 enzyme complex 叫做 pyruvate dehydrogenase complex 幫助

  • Pyruvate dehydrogenase complex 由 3 個 enzymes 組成
    • 有 60 個 subunits
    • 調節 acetyl CoA 生成的速度

我們將 glycolysis 生成的 2 個 pyruvates 帶進 oxidation 總結可以得到:

  • 2 個 acetyl CoA
  • 2 個 NADH
  • 2 個 carbon dioxide 釋放
    • Glucose 的 6 個 carbon 有 2 個不見了

Citric acid cycle (Krebs cycle)

Citric acid cycle 是 cellular respiration 的核心,甚至有三個名字

  • Citric acid cycle
    • 第一個參與的東西是 citric acid (檸檬酸)
  • Tricarboxylic acid (TCA) cycle
    • 前兩個反應的媒介是 3 個 carboxyl groups
  • Krebs cycle
    • 發現者是 Hans Krebs

在 Citric acid cycle 會產生非常多的 NADH 和 FADH2 與幾個 ATP,這些 NADH, FADH2 將會在 ETC 被轉換成非常多的 ATP

Citric acid cycle 一樣在 mitochondria 的 matrix 執行 (Eukaryotes),或在 cytoplasm (Prokaryotes)

Citric acid cycle
Citric acid cycle

主要會有 8 大步驟形成封閉的迴圈,但這邊一樣簡單理解一下就好

  • 首先 acetyl CoA 會和 oxaloacetate (4 carbon acceptor) 組成 citrate 並重新排列
    • Citrate 就是 cycle 命名原因,有 6 個 carbon
  • 接著會將 2 個 carbon 以 carbon dioxide 釋放掉
    • 產生 2 次 NADH molecule
  • 到這邊有一些 enzymes 非常重要,掌握了整個 cycle 的快慢

到這邊 carbon 從 6 變成 4 個,跟最終要變回的 oxaloacetate 一模一樣

  • 接著進行反應產生 1 個 GTP (可以變成 ATP)
  • 一次 FAD 變成 FADH2
  • 一次 NAD+ 變成 NADH
  • 變回 oxaloacetate

最後我們總結一下,一個 Glucose 在 Citric acid cycle 的收穫

  • 因為 glucose 產生 2 個 acetyl CoA (from pyruvates) 所以每個都要乘以 2
    • 進入 2 個 carbon 釋放 2 個 carbon dioxide * 2
    • 產生 3 個 NADH * 2
    • 產生 1 個 FADH2 * 2
    • 產生 1 個 GTP (ATP) * 2

所以淨收穫是 6 個 NADH 和 2 個 FADH2 還有 2 個 ATP

想看更完整的化學反應可以參考下圖

Citric acid cycle reactions
Citric acid cycle reactions

Oxidative phosphorylation

為什麼人沒呼吸、缺氧就會死掉 ? 跟 oxidative phosphorylation 有很大的關係

  • Oxidative phosphorylation 需要 oxygen 才能運作
    • 由兩大元件組成
      • Electron transport chain
        • electrons 在 molecules 之間進行 transfers
        • 製造了 electrochemical gradient 的環境
      • Chemiosmosis
        • 利用 gradient 來產出 ATP

Oxygen 出現在 electron transport chain 的最後

  • Oxygen 將領取 electrons 和 protons 來形成 water
    • 如果沒有 oxygen (閉氣) 整個流程會停止
    • ATP 就不再會由 chemiosmosis 產生
    • 導致所有細胞都沒有 energy 能夠推動運作
Oxidative phosphorylation
Oxidative phosphorylation
  • 主角 electron transport chain (ETC) 是位在 mitochondria 的 inner membrane 中的一系列 proteins
    • Electrons 將會在 transport chain 之間位移,進行一連串的 redox reactions
    • 釋放出的 energy 將成為 proton gradient 作為 chemiosmosis 的利用工具
    • Chemiosmosis 是產生 ATP 的 process
    • electron transport chain 和 chemiosmosis 就是 oxidative phosphorylation 的核心

簡單來說,oxidative phosphorylation 過程可以用以下四點來解釋 :

  1. Delivery of electrons by NADH and FADH2

    • Respiration 前三步驟產生的 NADH 和 FADH2 終於能卸貨
    • 把身上的 electrons 都放到 transport chain 的起點
    • 然後變回 NAD+ 和 FAD 繼續回到其他地方工作
  2. Electron transfer and proton pumping

    • Electrons 在 chain 上從 higher energy 移動到 lower energy level
    • 釋放的 energy 被用來 pump H+ ions
    • H+ ions 離開 matrix 來到 intermembrane space
    • 外部的 H+ 濃度大於內部,產生了 electrochemical gradient
  3. Splitting of oxygen to form water

    • 在 chain 的終點,這些 electrons 會和 molecular oxygen 結合產出水分子
  4. Gradient-driven synthesis of ATP

    • H+ ions 隨著 gradient 移回 matrix
    • 他們會通過一種 enzyme 叫做 ATP synthase
    • 將 ADP 合成為 ATP

以上只是對過程的簡單解釋,詳細過程只用下面兩張圖帶過

  • The electron transport chain
The electron transport chain
The electron transport chain
  • Chemiosmosis
Chemiosmosis
Chemiosmosis

ATP yield

  • 現在來統整一下 ATP 的總收益
  • 根據研究, 4 個 H+ ions 進行 pump 可以產生 1 個 ATP
    • 一個 NADH 所帶的 electrons
      • 約可產生 10 H+ ions 來 pump 產生約 2.5 個 ATP
    • 一個 FADH2 所帶的 electrons
      • 約可產生 6 H+ ions 來 pump 產生約 1.5 個 ATP
StageDirect productsUltimate ATP yield (net)
Glycolysis2 ATP2 ATP
2 NADH3-5 ATP
Pyruvate oxidation2 NADH5 ATP
Citric acid cycle2 ATP/GTP2 ATP
6 NADH15 ATP
2 FADH23 ATP
Total30-32 ATP
  • 因為 glycolysis 是在 cytosol 發生
    • NADH 無法直接來到 mitochondria 內部,需要額外的 shuttle system
      • 人體細胞有的需要利用 FADH2 來幫助
        • 所以只能產生 3 個 ATP
      • 有的細胞能用 NADH 幫助
        • 所以能產生 5 個 ATP
      • 細菌一律在 cytosol 進行,所以一定產生 5 個 ATP

另外 30-32 ATP 甚至有點高估,因為 energy 有時會直接供應其他地方使用

Fermentation and anaerobic respiration

酵母是如何將大麥麥芽發酵成啤酒 ? 肌肉如何處理無氧運動 ? 都跟在 cytoplasm 發生的以下兩件事有關

  • 這兩件事皆發生於 aerobic cellular respiration 無法進行時
    • Aerobic = oxygen using
    • 也就是 oxygen 不在 electron transport chain 的最後幫忙
  • 這些 fermentation pathways 主要組成由
    • Glycolysis 和一些額外的 reactions 接在一起
      • 例如 yeast 的額外 reactions 會產生 alcohol
      • 而 muscle 的額外 reactions 會產生 lactic acid (乳酸)

但並不是所有的 fermentation 都是 anaerobically (non-aerobic) 來進行

  • 有的 bacteria, archaea 直接利用別的東西來取代在 ETC 尾巴的 oxygen
    • 例如使用 sulfate 作為 acceptor
    • 這種方法稱為 anaerobic cellular respiration

Fermentation

  • Fermentation (Anaerobic pathway)
    • Non-oxygen-requiring pathway
    • 唯一有萃取 energy 的工作只有 glycolysis
  • 產生的 NADH 無法用正常的 ETC 程序消回原本的 NAD+
    • 所以接續的工作 (extra reactions) 主要目標是將 NADH 變回 NAD+
    • 讓 NADH 的 electrons 丟入一些 organic molecule (e.g., pyruvate)
    • 如此就可以確保足夠的 NAD+ 能繼續進行 glycolysis

Lactic acid fermentation

  • NADH 直接將 electrons 傳給 pyruvate 就是 lactic acid fermentation
    • 會產生 lactate 作為 byproduct
      • Lactate 是 lactic acid 被 deprotonated 後的樣子
Lactic acid fermentation
Lactic acid fermentation
  • 常見的 lactic acid fermentation
    • Bacteria 產生 yogurt 時
    • Red blood cells (因為沒有 mitochondria)
    • Muscle cells (只在 oxygen 太少的情況)
      • lactic acid 會被 bloodstream 傳送回 liver
      • 變回 pyruvate 然後由 cellular respiration 正常使用

Alcohol fermentation

  • NADH 會將 electrons 傳給 pyruvate 的衍生物,然後產生 ethanol (乙醇)
    • 是一個兩步驟的 process
    • 首先 pyruvate 的 carboxyl group 被提出釋放成 carbon dioxide
      • 產生 2 個 carbon 的 acetaldehyde (乙醛)
    • NADH 再將 electrons 丟給 acetaldehyde
      • 產生出 ethanol
      • NADH 就可以變回 NAD+
Alcohol fermentation
Alcohol fermentation
  • 由 yeast 主導 alcohol fermentation 產出的 ethanol 常見於 beer, wine
    • 但過多的 alcohol 對 yeast, human 都有害
    • 所以 yeast 的 ethanol tolerance 約在 5% 到 21%

Facultative and obligate anaerobes

很多 Bacteria 和 archaea 可以分成兩大種類 : facultative anaerobesobligate anaerobes

  • Facultative anaerobes (facultative: 兼性)
    • 可以切換 aerobic 和 anaerobic respiration
    • 只要根據 oxygen 的多寡就可以改變
      • Oxygen 足夠時就用 aerobic respiration 產生足夠的 ATP
      • Oxygen 不夠時還能用 anaerobic respiration 維持生命
  • Obligate anaerobes (obligate: 專性)
    • 必須只使用 anaerobic respiration 才能生存
    • Oxygen 甚至會殺掉這類型的微生物
      • 例如 clostridium bacteria
      • 還有目前也有許多種 multicellular 的深海生物被發現是 obligate anaerobes